Sekolah Menengah Sains Kuching Utara juga mengamalkan sistem rumah sepertimana Sekolah Berasrama Penuh yang lain. Sistem rumah di SAKURA terdiri daripada empat buah rumah iaitu:

• Aero - Rumah kuning.
• Aqua - Rumah biru.
• Ignis - Rumah merah.
• Terra - Rumah hijau.

Bagi menghargai dedikasi pelajar dan usaha rumah masing-masing, sebuah majlis penyampaian anugerah diadakan pada setiap tahun. Majlis ini dikenali sebagai Malam Anugerah Sri Bitara. Bagi sesi 2013, majlis ini diadakan pada 8 November 2013. Mandat telah diberikan kepada Rumah Terra untuk mengendalikan majlis yang julung kali diadakan ini. Pada tahun ini, kemenangan secara keseluruhan telah berpihak kepada rumah Aero. Pada tahun 2014 pula, majlis ini diadakan pada 27 September 2014. Amanah untuk mengendalikan majlis ini diberikan kepada Rumah Ignis. Pada kali ini, kemenangan keseluruhan diambil alih oleh Rumah Aqua.